Typage d’ADN
DNA testing
Le typage repose sur le polymorphisme mis en évidence et qui caractérise un ADN particulier. Approches utilisées pour typer ou caractériser l’ADN.
1. Utiliser le polymorphisme de séquence (le principe du SNP: Single Nucleotide Polymorphism).
Exemple:
S1: AGACTAGACATT
comparé à
S2: AGATTAGGCATT
2. Utiliser le polymorphisme des répétitions courtes en tandem (le principe des STR : Short Tandem Repeats)
Exemple:
S1: —- (AATG)(AATG)(AATG)—- contient 3 répétitions du STR AATG
S2: —- (AATG)(AATG)— contient 3 répétitions du STR AATG
3- Comparer les SNP à celles d’un étalon de comparaison fourni par le CRS
Cambridge Reference Sequence
4. Comparer les SNP à celles de profils déjà connus et utiliser des instruments statistiques avancés pour
classer l’haplotype (analyse discriminante)
On rapporte alors la probabilité d’appartenir à chacun des profils ou des %.
Un certain nombre de SNP sont identifiés comme étant typiques de:
–caucasien européen;
–asiatique,
–africain sub-saharéen,
–amérindien
ou encore comme typique d’une tribu africaine ou amérindienne.
5- Classer l’haplotype dans une catégorie empirique
exemple: être de l’Atlantic Modal Haplotype possédé par ~15% des européens de l’Ouest (GB, France, Espagne, Portugal, Allemagne)
L’haplogroupe des «écossais», des «irlandais», des «vikings», des «juifs», &c
6- Trouver l’haplogroupe ou l’haplogroupe qui correspond à l’ADN étudié et l’insérer dans une taxonomie phylogénétique (validée scientifiquement). Se basant sur les polymorphismes singuliers (SNP) des classifications ont été établies pour les ADN-Y et ADN-mt des humains.
